Γεννήθηκε στο χωριό Άγιος Ιωάννης του σημερινού Δήμου Ταμιναίων της Εύβοιας, γιός του Λεωνίδα Μπαϊρακτάρη καί της Ελένης, το γένος Αντωνίου Λάμπρου καί το κοσμικό όνομά του ήταν Ευάγγελος Μπαϊρακτάρης. Από πολύ μικρός έδειξε έφεση προς τον μοναχισμό εμπνεόμενος σημαντικά από τον βίο του Αγίου Ιωάννη του Καλυβίτη. Στην παιδική του ηλικία ξεκίνησε να εργάζεται σκληρά στα χωράφια της οικογένειας του και ύστερα στο ανθρακωρυχείο της περιοχής του προκειμένου να βοηθήσει οικονομικά την οικογένειά του. Ο πατέρας του, αν και γεωργός καθώς ήταν, παράλληλα ήταν ψάλτης στο χωριό του και αρκετές φορές συνόδευε τον Άγιο Νεκτάριο στις περιοδείες του ως βοηθός του.^[3]

Σε ηλικία 12 χρόνων και έχοντας τελειώσει μόνο την Β΄ Δημοτικού, προσπάθησε επανειλημμένα να φύγει κρυφά από τους οικείους του στο Άγιον Όρος έχοντας ως πόθο να γίνει μοναχός. Η θλίψη για τους γονείς του όμως που δεν θα τους έβλεπε ποτέ ξανά τον έκανε να επιστρέφει πίσω στην Εύβοια όπου εργαζότανε. Μετά από τρεις προσπάθειες που έκανε το αποφάσισε πλέον πως ήταν έτοιμος και μετέβη τελικά στη καλύβη του Αγίου Γεωργίου στα γνωστά Καυσοκαλύβια του Αγίου Όρους, όπου έζησε τα επόμενα 6 χρόνια, ως υποτακτικός σε δύο γέροντες μοναχούς, τον παπα-Παντελεήμων καί τον παπα-Ιωαννίκιο, εκάρη με το όνομα Νικήτας σε ηλικία 17 ετών. Εκεί ασχολούμενος με την ξυλογλυπτική και με την συνεχή και σκληρή ασκητική ζωή του μοναχού αποτέλεσε πρότυπο μετανοίας κάνοντας πλήρη υπακοή στους γεροντάδες του. Κατόπιν, λόγω σοβαρής ασθένειας (πλευρίτιδας), αναγκάστηκε να επιστρέψει στην Εύβοια, όπου και εγκαταστάθηκε στην Ιερά Μονή Αγίου Χαραλάμπους Λευκών Ευβοίας, στο Αυλωνάρι της Εύβοιας.

Σε ηλικία 21 ετών συναντήθηκε με τον Αρχιεπίσκοπο του Σινά Πορφύριο, ο οποίος φιλοξενείτο ως επισκέπτης στην περιοχή και ο οποίος τον χειροτόνησε πρεσβύτερο δίνοντάς του και το όνομά του. Τα επόμενα χρόνια, επειδή το μοναστήρι του Αγίου Χαραλάμπους Λευκών έγινε γυναικείο, ο μοναχός Πορφύριος εγκαταστάθηκε στη Μονή Αγίου Νικολάου, στην Άνω Βάθεια του σημερινού Δήμου Αμαρυνθίων, στην Εύβοια. Το 1940, σε ηλικία 34 ετών, μετέβη στην Αθήνα, όπου στις 12 Οκτωβρίου διορίστηκε εφημέριος στην εκκλησία του Αγίου Γερασίμου, στην Πολυκλινική Αθηνών, στην Ομόνοια διακονώντας τον πονεμένο και δοκιμαζόμενο ελληνικό λαό ως Πνευματικός Πατέρας καί Ιερέας. Οι αποδοχές όμως που λάμβανε σαν εφημέριος της πολυκλινικής ήταν ελάχιστες. Έτσι για να συντηρήσει τον εαυτό του και τους οικείους του αναγκάστηκε να εργάζεται βιοποριστικά. Έτσι έφτιαξε με τους συγγενείς του ένα πτηνοτροφείο και αργότερα ένα πλεκτήριο από τα οποία κέρδιζε τα προς το ζην. Επίσης, μπόρεσε και πέτυχε άριστα αποτελέσματα στην σύνθεση αρωμάτων και του ευρέως διαδεδομένου «μοσχοθυμιάματος», εξαιτίας του ζήλου που τον διέκρινε για κατανυκτικότερη τέλεση της Θείας Λειτουργίας. Ακόμη το 1955 μίσθωσε από την ιερά μονή Πεντέλης το μονύδριον του Αγίου Νικολάου στα Καλλίσια της Παλαιάς Πεντέλης με την γύρω αγροτική περιοχή, την οποία καλλιεργούσε και φύτεψε και πολλά δένδρα. Προς το τέλος της υπηρεσίας του στην Πολυκλινική ασθένησε από πάθηση των νεφρών. Στις 16 Μαρτίου 1970, έχοντας συμπληρώσει 35ετία, έλαβε μικρή σύνταξη από το Ταμείο Ασφαλίσεως Κληρικών Ελλάδος και αποχώρησε από τη θέση του εφημερίου, όπου όμως συνέχισε να προσφέρει τις υπηρεσίες του ως το 1973. Στις 20-08-1978 έπαθε έμφραγμα μυοκαρδίου και νοσηλεύτηκε στο «ΥΓΕΙΑ» είκοσι μέρες. Κατόπιν φιλοξενήθηκε από πνευματικά του παιδιά για περίπου ένα χρόνο, συνεχίζοντας να καθοδηγεί πνευματικά όλους όσους προσέτρεχαν σε αυτόν. Συγχρόνως άρχισε την αναζήτηση τόπου κατάλληλου για την ανέγερση ιερού μοναστικού ησυχαστηρίου.^[3]

Την χρονιά εκείνη έφυγε από την Αθήνα για να εγκατασταθεί μετά από μερικά χρόνια στο Μήλεσι της Μαλακάσας, όπου και οικοδόμησε το Ιερό Ησυχαστήριο της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος συμμετέχοντας ακόμη και ο ίδιος στην ανέγερση της μονής. Απέκτησε σημαντική φήμη και πολλοί πιστοί τον επισκέπτονταν στον τόπο διαμονής του. Εκεί επιδεινώθηκε σοβαρά η υγεία του μετά από εγχείρηση πού έκανε στον αριστερό οφθαλμό χάνοντας ακόμα και την όρασή του. Εξαιτίας δε και της χορηγήσεως κορτιζόνης που του δόθηκε είχε επαναλαμβανόμενες γαστρορραγίες. Ως αποτέλεσμα με τον καιρό η σωματική του υγεία χειροτέρεψε δραματικά καθώς διαγνώστηκε με όγκο στην υπόφυση που ο ίδιος με το χάρισμα που το έδωσε ο Θεός διέγνωσε, επίσης έγιναν εμφανή τα συμπτώματα του απερχόμενου έρπη ζωστήρα στο πρόσωπο και το κεφάλι και έκζεμα στο χέρι. Μπορεί η σωματική του υγεία να χειροτέρεψε, αλλά αντιθέτως ψυχικά ήταν κραταιός αφού πολλοί πιστοί πηγαίνανε στην μονή για να βρουν παρηγοριά από τον γέροντα Πορφύριο. Από αυτό απέκτησε σημαντική φήμη και πολλοί πιστοί τον επισκέπτονταν στον τόπο διαμονής του αντικρύζοντας όχι έναν ταλαιπωρημένο γέροντα, αλλά έναν οδοδείκτη της εν Χριστώ ζωής.

Το Νοέμβριο του 1991 μετέβη στο παλαιό κελί του, στα Καυσοκαλύβια του Αγίου Όρους, όπου και κοιμήθηκε στις 2 Δεκεμβρίου του ίδιου έτους. Κατατάχθηκε στο Αγιολόγιο της Ορθοδόξου Εκκλησίας, από την Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στη συνεδρίασή της που διεξήχθη στις 27 Νοεμβρίου 2013.